Zuckerman Institute

2025

An emerging view of neural geometry in motor cortex supports high-performance decoding

Perkins, S. M., Amematsro, E. A., Cunningham, J., Wang, Q. & Churchland, M. M., févr. 3 2025, Dans: eLife. 12

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DREDge: robust motion correction for high-density extracellular recordings across species

Windolf, C., Yu, H., Paulk, A. C., Meszéna, D., Muñoz, W., Boussard, J., Hardstone, R., Caprara, I., Jamali, M., Kfir, Y., Xu, D., Chung, J. E., Sellers, K. K., Ye, Z., Shaker, J., Lebedeva, A., Raghavan, R. T., Trautmann, E., Melin, M. & Couto, J. & 20 autres, Garcia, S., Coughlin, B., Elmaleh, M., Christianson, D., Greenlee, J. D. W., Horváth, C., Fiáth, R., Ulbert, I., Long, M. A., Movshon, J. A., Shadlen, M. N., Churchland, M. M., Churchland, A. K., Steinmetz, N. A., Chang, E. F., Schweitzer, J. S., Williams, Z. M., Cash, S. S., Paninski, L. & Varol, E., 2025, (Accepted/In press) Dans: Nature Methods. 2344.

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StyleTTS: A Style-Based Generative Model for Natural and Diverse Text-to-Speech Synthesis

Li, Y. A., Han, C. & Mesgarani, N., 2025, (Accepted/In press) Dans: IEEE Journal on Selected Topics in Signal Processing.

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Understanding the neural code of stress to control anhedonia

Xia, F., Fascianelli, V., Vishwakarma, N., Ghinger, F. G., Kwon, A., Gergues, M. M., Lalani, L. K., Fusi, S. & Kheirbek, M. A., janv. 16 2025, Dans: Nature. 637, 8046, p. 654-662 9 p., 2419.

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2 Citations (Scopus)

2024

Abstract representations emerge in human hippocampal neurons during inference

Courellis, H. S., Minxha, J., Cardenas, A. R., Kimmel, D. L., Reed, C. M., Valiante, T. A., Salzman, C. D., Mamelak, A. N., Fusi, S. & Rutishauser, U., août 22 2024, Dans: Nature. 632, 8026, p. 841-849 9 p.

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5 Citations (Scopus)

A mathematical theory of relational generalization in transitive inference

Lippl, S., Kay, K., Jensen, G., Ferrera, V. P. & Abbott, L. F., juill. 9 2024, Dans: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 121, 28, e2314511121.

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4 Citations (Scopus)

A Method for Treating Significant Conformational Changes in Alchemical Free Energy Simulations of Protein-Ligand Binding

Liao, J., Sergeeva, A. P., Harder, E. D., Wang, L., Sampson, J. M., Honig, B. & Friesner, R. A., 2024, (Accepted/In press) Dans: Journal of Chemical Theory and Computation.

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1 Citation (Scopus)

Cortical control of eye movements

Rutler, O., Driscoll, C., Stella, S. E., Persaud, S. & Goldberg, M. E., janv. 1 2024, Encyclopedia of the Human Brain, Second Edition: Volumes 1-5. Elsevier, p. V1-666-V1-680

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Emergent neural dynamics and geometry for generalization in a transitive inference task

Kay, K., Biderman, N., Khajeh, R., Beiran, M., Cueva, C. J., Shohamy, D., Jensen, G., Wei, X. X., Ferrera, V. P. & Abbott, L. F., avr. 2024, Dans: PLoS Computational Biology. 20, 4 April, e1011954.

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4 Citations (Scopus)

Erratum: Correction: Reach adaption to a visuomotor gain with terminal error feedback involves reinforcement learning (PloS one (2022) 17 6 DOI: 10.1371/journal.pone.0269297)

Ikegami, T., Randall Flanagan, J. & Wolpert, D. M., 2024, Dans: PLoS One. 19, 8, p. e0308510

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HCN1 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide–gated channels enhance evoked GABA release from parvalbumin-positive interneurons

Buss, E. W., Lofaro, O. M., Barnett, A., Leroy, F., Santoro, B., Siegelbaum, S. A. & Bock, T., oct. 15 2024, Dans: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 121, 42, e2319246121.

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1 Citation (Scopus)

Hue selectivity from recurrent circuitry in Drosophila

Christenson, M. P., Sanz Diez, A., Heath, S. L., Saavedra-Weisenhaus, M., Adachi, A., Nern, A., Abbott, L. F. & Behnia, R., juin 2024, Dans: Nature Neuroscience. 27, 6, p. 1137-1147 11 p.

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4 Citations (Scopus)

Network-based elucidation of colon cancer drug resistance mechanisms by phosphoproteomic time-series analysis

Rosenberger, G., Li, W., Turunen, M., He, J., Subramaniam, P. S., Pampou, S., Griffin, A. T., Karan, C., Kerwin, P., Murray, D., Honig, B., Liu, Y. & Califano, A., déc. 2024, Dans: Nature Communications. 15, 1, 3909.

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3 Citations (Scopus)

Vivien Chevaleyre (1973-2024)

Castillo, P. E., Desarménien, M. G. & Siegelbaum, S. A., mai 1 2024, Dans: Neuron. 112, 9, p. 1387-1389 3 p.

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ZEPPI: Proteome-scale sequence-based evaluation of protein–protein interaction models

Zhao, H., Petrey, D., Murray, D. & Honig, B., mai 21 2024, Dans: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 121, 21, e2400260121.

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2 Citations (Scopus)

2023

A Generative Neighborhood-Based Deep Autoencoder with an Extended Loss Function for Robust Imbalanced Classification

Troullinou, E., Tsagkatakis, G., Losonczy, A., Poirazi, P. & Tsakalides, P., 2023, Conference Record of the 57th Asilomar Conference on Signals, Systems and Computers, ACSSC 2023. Matthews, M. B. (éd.). IEEE Computer Society, p. 1015-1019 5 p. (Conference Record - Asilomar Conference on Signals, Systems and Computers).

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1 Citation (Scopus)

Erratum: Low-dimensional dynamics for working memory and time encoding (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (2020) 117 (23021–23032) DOI: 10.1073/pnas.1915984117)

Cueva, C. J., Saez, A., Marcos, E., Genovesio, A., Jazayeri, M., Romo, R., Salzman, C. D., Shadlen, M. N. & Fusi, S., mars 10 2023, Dans: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 120, 11, e2302618120.

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Erratum: Postingestive Modulation of Food Seeking Depends on Vagus-Mediated Dopamine Neuron Activity (Neuron (2020) 106(5) (778–788.e6), (S0896627320302166), (10.1016/j.neuron.2020.03.009))

Fernandes, A. B., Alves da Silva, J., Almeida, J., Cui, G., Gerfen, C. R., Costa, R. M. & Oliveira-Maia, A. J., févr. 15 2023, Dans: Neuron. 111, 4, p. 595 1 p.

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1 Citation (Scopus)

2022

Erratum: Improved Speech Hearing in Noise with Invasive Electrical Brain Stimulation (Journal of Neuroscience (2022) (3648-3658) DOI: 10.1523/JNEUROSCI.1468-21.2022)

Patel, P., Khalijhinejad, B., Herrero, J. L., Bickel, S., Mehta, A. D. & Mesgarani, N., juill. 13 2022, Dans: Journal of Neuroscience. 42, 28, p. 5655 1 p.

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2021

Erratum: Mutational fitness landscapes reveal genetic and structural improvement pathways for a vaccine-elicited HIV-1 broadly neutralizing antibody (Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2021) 118 (e2011653118) DOI: 10.1073/pnas.2011653118)

Madan, B., Zhang, B., Xu, K., Chao, C. W., O Dell, S., Wolfe, J. R., Chuang, G. Y., Fahad, A. S., Geng, H., Kong, R., Louder, M. K., Nguyen, T. D., Rawi, R., Sch n, A., Sheng, Z., Nimrania, R., Wang, Y., Zhou, T., Lin, B. C. & Doria-Rose, N. A. & 3 autres, Shapiro, L., Kwong, P. D. & DeKosky, B. J., août 3 2021, Dans: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 31, e2110411118.

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Erratum: Pathogenic role of delta 2 tubulin in bortezomib-induced peripheral neuropathy (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (2021) 118 (e2012685118) DOI: 10.1073/pnas.2012685118)

Pero, M. E., Meregalli, C., Qu, X., Ji-Eun Shin, G., Kumar, A., Shorey, M., Rolls, M. M., Tanji, K., Brannagan, T. H., Alberti, P., Fumagalli, G., Monza, L., Grueber, W. B., Cavaletti, G. & Bartolini, F., nov. 9 2021, Dans: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 45, e2115637118.

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Erratum: Inferring exemplar discriminability in brain representations (PLoS ONE (2020) 15: 6 (e0232551) DOI: 10.1371/journal.pone.0232551)

Nili, H., Walther, A., Alink, A. & Kriegeskorte, N., avr. 2021, Dans: PLoS One. 16, 4 April, e0250474.

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1 Citation (Scopus)

Erratum: Posttranslational Modifications Mediate the Structural Diversity of Tauopathy Strains (Cell (2020) 180(4) (633–644.e12), (S0092867420301082), (10.1016/j.cell.2020.01.027))

Arakhamia, T., Lee, C. E., Carlomagno, Y., Kumar, M., Duong, D. M., Wesseling, H., Kundinger, S. R., Wang, K., Williams, D., DeTure, M., Dickson, D. W., Cook, C. N., Seyfried, N. T., Petrucelli, L., Steen, J. A. & Fitzpatrick, A. W. P., déc. 9 2021, Dans: Cell. 184, 25, p. 6207-6210 4 p.

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18 Citations (Scopus)

2020

Brain-wide interactions between neural circuits

Abbott, L. & Svoboda, K., déc. 2020, Dans: Current Opinion in Neurobiology. 65, p. iii-v

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3 Citations (Scopus)

Editorial overview: Curiosity: Explore versus exploit

Hassin, R. & Shohamy, D., oct. 2020, Dans: Current Opinion in Behavioral Sciences. 35, p. iii-iv

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1 Citation (Scopus)

Erratum: Correction: Nitric oxide acts as a cotransmitter in a subset of dopaminergic neurons to diversify memory dynamics (eLife (2019) 8 PII: e64094)

Asou, Y., Ray, R. P., Long, X., Bushey, D., Cichewicz, K., Ngo, T. T., Sharp, B., Christoforou, C., Hu, A., Lemire, A. L., Tillberg, P., Hirsh, J., Litwin-Kumar, A. & Rubin, G. M., oct. 22 2020, Dans: eLife. 9

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Erratum: Neural Correlates of Reinforcement Learning in Mid-lateral Cerebellum (Neuron (2020) 106(1) (188–198.e5), (S0896627319310980), (10.1016/j.neuron.2019.12.032))

Sendhilnathan, N., Semework, M., Goldberg, M. E. & Ipata, A. E., juin 17 2020, Dans: Neuron. 106, 6, p. 1055 1 p.

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6 Citations (Scopus)

Expectation propagation as a way of life: A framework for Bayesian inference on partitioned data

Vehtari, A., Gelman, A., Sivula, T., Jylänki, P., Tran, D., Sahai, S., Blomstedt, P., Cunningham, J. P., Schiminovich, D. & Robert, C. P., janv. 1 2020, Dans: Journal of Machine Learning Research. 21

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44 Citations (Scopus)

2019

Correction: D-Track—A semi-automatic 3D video-tracking technique to analyse movements and routines of aquatic animals with application to captive dolphins(PLoS ONE (2019) 13:8 (e0201614) Dooi: 10.1371/journal.pone.0201614)

Rachinas-Lopes, P., Ribeiro, R., Dos Santos, M. E. & Costa, R. M., janv. 2019, Dans: PLoS One. 14, 1, e0211383.

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1 Citation (Scopus)

Editorial: Neural epigenetics

Greenberg, M. E. & Lomvardas, S., déc. 2019, Dans: Current Opinion in Neurobiology. 59, p. iii-v

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Erratum: Input-Timing-Dependent Plasticity in the Hippocampal CA2 Region and Its Potential Role in Social Memory (Neuron (2017) 95(5) (1089–1102.e5), (S0896627317306840), (10.1016/j.neuron.2017.07.036))

Leroy, F., Brann, D. H., Meira, T. & Siegelbaum, S. A., avr. 3 2019, Dans: Neuron. 102, 1, p. 260-262 3 p.

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8 Citations (Scopus)

Learning by teaching: benefits for frontline clinician-teachers

Sun, N. Z., Maniatis, T. & Steinert, Y., nov. 1 2019, Dans: Medical Education. 53, 11, p. 1154-1155 2 p.

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2 Citations (Scopus)

What is cognition?

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101 Citations (Scopus)

2018

Erratum: LKB1 regulates mitochondria-dependent presynaptic calcium clearance and neurotransmitter release properties at excitatory synapses along cortical axons (PLoS Biol(2018)14: 7(e1002516)Doi: 10.1371/journal.pbio.1002516)

Kwon, S. K., Sando, R., Lewis, T. L., Hirabayashi, Y., Maximov, A. & Polleux, F., sept. 2018, Dans: PLoS Biology. 16, 9, e1002516.

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2 Citations (Scopus)

New Drugs from Old

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An International Laboratory for Systems and Computational Neuroscience

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Erratum: Correction to 'Wide-field optical mapping of neural activity and brain haemodynamics: considerations and novel approaches' (Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences (2016) 371 1705 PII: 20160539)

Ma, Y., Shaik, M. A., Kim, S. H., Kozberg, M. G., Thibodeaux, D. N., Zhao, H. T., Yu, H. & Hillman, E. M. C., févr. 19 2017, Dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 372, 1714

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1 Citation (Scopus)

Erratum: Correction: Active sensing in the categorization of visual patterns (eLife (2016) 5 PII: e25660)

Yang, S. C. H., Lengyel, M. & Wolpert, D. M., févr. 6 2017, Dans: eLife. 6

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Erratum: Functional Prions in the Brain

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9 Citations (Scopus)

Erratum: The Spatiotemporal Organization of the Striatum Encodes Action Space (Neuron (2017) (95) (5) (1171–1180.e7) (S0896627317307304) (10.1016/j.neuron.2017.08.015))

Klaus, A., Martins, G. J., Paixao, V. B., Zhou, P., Paninski, L. & Costa, R. M., nov. 15 2017, Dans: Neuron. 96, 4, p. 949 1 p.

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The critical role of nonhuman primates in medical research

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2 Citations (Scopus)

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Murphy, B. K. & Miller, K. D., janv. 6 2016, Dans: Neuron. 89, 1, p. 235 1 p.

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Motivated cognition: Neural and computational mechanisms of curiosity, attention, and intrinsic motivation

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13 Citations (Scopus)

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